目前全所分業務部門、職能部門和后勤保障部門。業務部門設有鼠疫預防控制科、布病預防控制科、微量元素病預防控制科、碘缺乏病控制實驗室、寄生蟲病預防控制科、實驗動物中心6個科室；職能部門設有綜合辦公室、財務管理科、業務管理科、后勤管理科；設有物業服務部。

現有職工196人，其中專業技術人員155名，占職工總數的79.08%；行政管理人員2名，占1.02%。專業技術人員職稱結構：職稱的25名，其中正高7人，占4.5%，副高18人，占11.63%；中級55人，占35.4%；初級職稱75名,占47.38%。工勤人員41人。專業人員學歷結構：碩士生3名，占全所總人數的1.93%；本科學歷53人，占34.19%；大專學歷51人，占32.9%；中專以下學歷48人，占近31%。年中,由于發展需要,青海省地方病預防控制所始建于1955年1月，初稱青海省鼠疫防治站，1959年改稱青海省鼠疫防治所，1962年改稱青海省地方病防治所，1980年11月改稱青海省地方病防治研究所，2000年3月起啟用現名。建所初期，是以鼠疫為單一病種的防治科研機構，1982年5月，為便于統一歸口管理，將青海省衛生防疫站下設的布病科和碘缺乏病科及青海省高原心臟病研究所下設的包蟲病科移交我所,逐步組建了以鼠疫、碘缺乏病、地方性氟中毒、大骨節病、布病、寄生蟲病和地方性砷中毒等多病種為對象的省級地方病防治機構。

目前全所分業務部門、職能部門和后勤保障部門。業務部門設有鼠疫預防控制科、布病預防控制科、微量元素病預防控制科、碘缺乏病控制實驗室、寄生蟲病預防控制科、實驗動物中心6個科室；職能部門設有綜合辦公室、財務管理科、業務管理科、后勤管理科；設有物業服務部。

現有職工196人，其中專業技術人員155名，占職工總數的79.08%；行政管理人員2名，占1.02%。專業技術人員職稱結構：職稱的25名，其中正高7人，占4.5%，副高18人，占11.63%；中級55人，占35.4%；初級職稱75名,占47.38%。工勤人員41人。專業人員學歷結構：碩士生3名，占全所總人數的1.93%；本科學歷53人，占34.19%；大專學歷51人，占32.9%；中專以下學歷48人，占近31%。